Die Johanniskirche war im frühen Mittelalter die Pfarrkirche von Eichstätt. Unter Bischof Hartwig (1196-1223) gingen die Pfarr-Rechte auf die wohl 1200 erweiterte romanische Basilika „Zu Unserer Lieben Frau“ („Collegiata“) am Marktplatz über, der erste Beleg hierfür stammt aus dem Jahr 1196. 1279 erscheint St. Johannes Baptist in schriftlichen Quellen als baufällige „alte Pfarrkirche auf dem Friedhof“, dem wohl wegen der Pestgefahr 1535/36 aufgelassenen Friedhof nördlich des Domes.

Der Außenbau erscheint sehr schlicht. Nur die einfachen Maßwerkfenster und ein Rundfenster über dem Portal gliedern die Wandflächen. Das schräge Gewände des Rundfensters ist der früheste Vorbote der Renaissance in Eichstätt.

Nach der Säkularisation 1807/08 wurde der Sakralraum als Schranne, danach als Gewerbehalle genutzt. Um 1920 wurde die Empore entfernt. Seit der Instandsetzung von 1978 dient die ehemalige Kirche der Stadt Eichstätt als „Haus des Gastes“. Hier finden Ausstellungen und Veranstaltungen statt.

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