An der Stelle des Kapuzinerklosters stand ursprüng­lich ein Kloster für Schottenmönche (Benediktiner aus Irland).  Stif­ter dieses Klosters war Dompropst Walbrun von Rieshofen, der vor 1166 vom Heiligen Grab Christi in Jerusalem eine noch heute vorhan­dene verkleinerte Nachbildung hier errichten und um dieses Grab eine Rundkirche erbauen ließ. Es ist die am besten erhaltene Nachbildung des Hl. Grabes aus romanischer Zeit in Deutschland.

Das Schottenkloster, das neben dem Heili­gen Grab auch ein Hospital betreute, erlosch Mitte des 15. Jh. Da­nach unterstand die Kirche zeitweise Pröpsten, seit der zweiten Hälfte des 16. Jh. dem Collegium Willibaldinum (Priesterseminar), bis Bischof Johann Christoph von Westerstetten (1612 – 1636) die Kapuziner nach Eichstätt be­rief und für sie das inzwischen baufällige Gebäude 1623/25 durch ei­nen Neubau in einfachem Barockstil ersetzen ließ, wobei allerdings das Hl. Grab erhalten blieb. Baumeister war der Kapuziner P. Stephan von Ellwangen.

Im Herbst 2009 haben die Kapuziner wegen Nachwuchsmangels ihren Abschied aus Eichstätt erklärt. Im Oktober 2012 hat Pater Guido Kreppold als letzter der Eichstätter Kapuziner das Kloster verlassen. Die Seelsorge an der Kapuzinerkirche Heilig Kreuz und weitere seelsorgliche Aufgaben übernehmen seitdem die Passionisten Pater Gregor Lenzen und Pater Hubert Dybala.

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