Die ursprüngliche Klosterkirche der Dominikaner in Eichstätt wurde 1279 im gotischen Stil fertiggestellt und war dem hl. Petrus Martyr geweiht. Im 15. Jahrhundert wurde das Patrozinium auf die Apostelfürsten Petrus und Paulus abgeändert.

Anfang des 17. Jahrhunderts wurde die Kirche umgestaltet. Dabei blieben das gotische Langhaus und der gotische Chor bestehen. Im 18. Jahrhundert wurde das Gotteshaus unter Fürstbischof Johann Anton I. Knebel von Katzenelnbogen durch den Eichstätter Hofbaumeister Johann Benedikt Ettl zwischen 1714 und 1723 im Barockstil neu aufgebaut. Die Innenausstattung wurde verkauft.

Nach der Säkularisation 1806 war die Dominikanerkirche (auch Peterskirche genannt) profaniert, bis der neue Besitzer des ehemaligen Klosters, Herzog Eugen von Leuchtenberg, 1822 sie wieder zum sakralen Gebrauch zur Verfügung stellte.

In der Nacht vom 19. auf den 20. Oktober 1918 brannten der Ostflügel und die Kirche aus, der Kirchturm, ein Dachreiter in der Mitte des Langhausdaches, stürzte in die Kirche. Von der Inneneinrichtung konnte fast nichts gerettet werden. Bis 1975 blieb die Kirche Ruine, dann wurde sie, durch eine Wand in zwei Teile getrennt, mit dem Langhaus „Aula“ und mit dem unversehrt gebliebenen Ostchor „Studienkirche“ des Deutschen Gymnasiums (heute Gabrieli-Gymnasium).